À l'issue de la victoire des Bleus à la Coupe du Monde 1998, Gérard Houllier quitte la DTN et part entraîner le mythique club de Liverpool. À la tête des Reds, il ne connaît pas une grande réussite en championnat, mais réalise une saison 2001 exceptionnelle, en remportant les deux coupes nationales (la FA Cup et la League Cup), la Coupe UEFA, puis la Supercoupe d'Europe. Il est célèbre aussi pour avoir propulsé Steven Gerrard (future idole d'Anfield) contre Blackburn Rovers, sa première apparition dans le championnat anglais.

Victime d'un grave malaise cardiaque le 13 octobre 2001 lors d'un match contre Leeds United, Gérard Houllier doit subir une opération à cœur ouvert et suspendre ses fonctions à Liverpool. Il effectue un retour triomphal à Anfield quelques mois plus tard, tandis que les Reds achèvent leur championnat à une probante deuxième place.

Mais malgré une nouvelle victoire en coupe de la Ligue en 2003, l'histoire entre Houllier et Liverpool commence à prendre fin. Dirigeants et supporters lui reprochent de plus en plus les performances irrégulières de l'équipe, et à l'issue de la saison 2003-2004, son contrat n'est pas renouvelé. Peut être parfois critiqué il n'en reste pas moins un grand entraineur qui marqua de son empreinte un club mythique. Houllier reste ainsi dans le coeur des fans de Liverpool, sa photo aux côtés des plus grands coachs de l'équipe comme Bill Shankly, Bob Paisley, Kenny Dalglish ou encore Rafa Benitez dans le musée d'Anfield Road en témoigne.